Për të zbuluar nëse realiteti ku po jeton është fizik, apo mendor, zoti Anderson, i njohur si Neo, do të duhet të bëjë edhe një herë të njëjtën zgjedhje: ndjekjen e lepurit të bardhë. Tashmë, ai është i ndërgjegjshëm se zgjedhja, megjithëse iluzion, mbetet e vetmja rrugëdalje për t’u futur në Matrix, apo për të dalë prej tij. Neoja tashmë e di se çfarë duhet të bëjë, por ajo që ai ende nuk e di është se Matrixi është më i fortë, më i sigurt dhe shumë më i rrezikshëm se më parë...