Kur një figurë misterioze fillon të shënjestrojë Alkimistët e Shtetit për mëkatet e tyre kundër Zotit, Alkimisti Eduard Elrik dhe vëllai i tij Alphonse janë më të pambrojturit, ndërkohë që homunkulët fillojnë të shfaqen edhe një herë.
Dy vëllezër alkimistë fillojnë kërkimin për gurin filozofal pasi një përpjekjeje për të ringjallur nënën e tyre të vdekur shkon tmerrësisht keq.
